Episode 1: LA VIE AVANT TOUT
Suite à l’explosion du laboratoire de Micheal, John Sheppard, Ronon, Rodney McKay ainsi que le Major Lorne se retrouvent bloqué sous les décombres. Une mission de secours est organisé par Samantha Carter afin de les sauver. Cependant, elle doit faire vite avant l’arrivée de Micheal, prévenu de l’explosion du batiment, et désireux lui aussi de récupérer les survivants.
Episode 2: CONTAMINATION
Alors que Samantha Carter est remplacé par Woolsey à la tête d’Atlantis, un étrange organise se développe à travers le corps du Dr.Keller. Le Dr.Beckett est alors sortie de sa stase afin de trouvé une solution avant que le mystérieux organisme ne s’éparpille dans toute la cité.
Episode 3: UNE QUESTION D'HONNEUR
Ronon est capturé par son ancien camarade Tyre qui le livre au Wraiths. Ces derniers lui font subir un lavage de cerveau afin de le transformer en adorateur des wraiths.
Episode 4: TOUS LES POSSIBLES
Suite à l’apparition mystérieuse d’un vaisseau rassemblant étrangement au Dédale, l’équipe du colonel Sheppard ont pour mission de monter à bord et de découvrir pourquoi personne ne répond aux appels d’Atlantis. Il s’avère vite que le vaisseau est vide de tout occupant. Alors que l’équipe tente de découvrir pourquoi, elle se retrouve transporter de dimension parallèle en dimension parallèle. Les 4 explorateurs vont alors tout faire pour retourner à leur dimension d’origine.
Episode 5: LES FANTOMES DU PASSE
La base d’Atlantis se retrouve envahie par un virus qui n’est autre que Elisabeth Weir ! Celle-ci demande à Atlantis, sous l'apparence de Fran, d’aider les Asurans afin qu’ils parviennent à effectuer leur ascension. Ce n’est pas sans poser quelques problèmes…
Episode 6: SECONDE ENFANCE
Rodney McKay est atteint d’une version extraterrestre de la maladie d’Alzheimer. Il perd rapidement la mémoire et retourne dans un état enfantin. Et si Ronon avait la solution au problème ?
Episode 7: LES DEMONS DE LA BRUME
Une équipe d’Atlantis composé de quatre femmes font une découverte intéressante sur une planète. Le Dr.Beckett ainsi que Sheppard les rejoignent afin d’explorer ce qui semble être un ancien laboratoire de Micheal.
Episode 8: LA NOUVELLE REINE
Teyla se fait passer pour la reine de Todd et se transforme en wraith afin de négocier avec les autres ruches d’une alliance wraith.
Episode 9: JEU DE PISTE
Ronon, McKay et le Dr.Keller se rendent sur un monde récemment visité par les wraiths. Malheureusement, le Dr.Keller est enlevé par un runner…
Episode 10: PREMIER CONTACT (part.1)
Daniel Jackson est de retour sur Atlantis pour effectuer des recherches sur un scientifique lantien du nom de Janus. Avec l’aide de McKay, il découvre son laboratoire secret. Malheureusement, ils se font enlever par d’étranges aliens vêtu d’armure sophistiqué au sein même de la cité. Pendant ce temps là, Woolsey, Ronon, et le Dr.Keller négocie avec Todd à bord du Dédale.
Episode 11: LA TRIBUE PERDUE (part.2)
Les membres d’Atlantis se retrouve disséminés dans la galaxie de Pégase. Sheppard et Zelenka tente de résoudre les problèmes technique de la cité. A bord du Dédale, l’équipage doit reprendre le contrôle du vaisseau maintenant au main des wraiths et Daniel Jackson ainsi que McKay, toujours prisonnier, doivent remettre en marche un appareil ancien pouvant détruire tous les wraiths mais dont les effets secondaires mettent en danger toutes les populations de la galaxie.
Episode 12: LES BALARANS
Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths...
Episode 13: INQUISITION
Sheppard et son équipe sont capturés par une coalition d’humains afin de répondre de leurs actes depuis leur arrivée dans la galaxie de Pégase.
Episode 14: LE FILS PRODIGUE
Micheal parvient à prendre le contrôle de la cité d’Atlantis et menace de la détruire sous le regard impuissant des membres d’Atlantis.
Episode 15: LES SEKKARIS
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse Dr.Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cette planète.
Episode 16: RENDEZ-VOUS GLACIAL
Rodney ainsi que le Dr.Keller retourne sur Terre afin de participer à un congrès scientifique. Un adversaire de McKay est parvenu à construire une machine capable de résoudre le réchauffement climatique de la planète. Cependant, rien ne se déroule comme prévu et les deux Atlantes auront bien du mal à résoudre le problème…
Episode 17: ENTRE LA VIE ET LA MORT
Les membres de l'expédition Atlantis reçoivent un message du vaisseau ruche de Todd qui se trouve en orbite : celui-ci se meurt et a besoin de leur aide...
Episode 18: IDENTITE
Une jeune femme se retrouve soudainement dans le corps du Dr.Keller. Atlantis découvre alors que la jeune femme en question à échanger d’esprit avec Jennifer. L’équipe de Sheppard doit tout faire pour retrouver le corps de la jeune femme avant qu’il ne soit trop tard.
Episode 19: LAS VEGAS
L’inspecteur Sheppard doit enquêter sur la mort étrange de 7 personnes doit la vie semble avoir été aspiré. Il découvre le meurtrier, qui n’est pas tout à fait humain, et est embarqué dans une dangereuse aventure afin de sauver la Terre. Et peut-être d’autres dimensions…
Episode 20: L'EMPIRE CONTRE-ATTAQUE
Un associé de Todd est parvenu a connecter un EPPZ a un vaisseau ruche. Ce vaisseau presque indestructible se met aussitôt en route vers la Terre. Tous les membres d’Atlantis et du SGC se mobilise pour le stopper, aux prix de tous les sacrifices.
Sam 9 Oct - 13:29