Episode 1: SOUS LE FEU DE L'ENNEMI
L'expédition d'Atlantis aidée par le nouveau vaisseau Terrien se prépare à défendre la cité contre l'assaut des Wraiths.
Episode 2: I.A
Le vaisseau terrien, le Dédale de retour de la Terre, revient sur Atlantis. Cependant durant le voyage, un scientifique est retrouvé mort mystérieusement sans aucune blessure. Quelques heures plus tard, McKay et Lindstrom font des analyses, quand un incident survient, et Lindstrom s’enferme dans un sas. Mais le scientifique reste enfermé, car la porte reste vérouillée. McKay impuissant assiste à la scène et n’arrive pas à ouvrir le sas. Et Lindstrom se fait aspirer dans l’espace. Mais qui peut bien tuer ?
Episode 3: CHASSE A L'HOMME
Lorne et un scientifique en mission d'exploration découvrent un cadavre de Wraith, qui pourrait les mettre sur la piste de Ford. L'équipe de Sheppard part en exploration sur ladite planète, où ils font la rencontre d'un homme étrange, Ronon. Prenant Teyla en otage, il passera un marché avec les Atlantes et les aidera à retrouver Ford, qui filera de justesse entre les doigts de Sheppard. De retour sur Atlantis, ils se rendront compte que la planète natale de Ronon a été dévatée par les Wraiths : il est désormais seul au monde.
Episode 4: A CORPS PERDUS
Tout un détachement d'Atlantis est en exploration sur une planète visitée - dévastée - par les Wraiths. L'arrivée inopinée d'un Darth met tout le monde sur le qui-vive : les Wraiths ne doivent pas apprendre la non-destruction d'Atlantis... Au cours de cette course folle, Cadman et Rodney sont aspirés par le Darth. En voulant arranger les choses, Zelenka va les rematérialiser, mais dans un seul corps, celui de Rodney, ce qui va donner lieu à de multiples quiproquos...mais aussi épuiser nerveusement le corps de Rodney. La promesse d'une attaque cérébrale fatale à plus ou moins long terme conduit Rodney à forcer Zelenka à mettre en oeuvre un plan de la dernière chance.
Episode 5: LES COMDAMNES
L'équipe de Sheppard arrivent sur une planète où les dirigeants ont reussi à avoir une relative harmonie avec un Wraith. En fait d'harmonie, l'accord consiste à lui livrer des humains. L'ilot sur lequel se trouve la Porte permet d'isoler les criminels de ce peuple. Seul souci, l'équipe de Sheppard est bloquée sur cette île après que les prisonniers aient réussi a immobiliser le Jumper.Le chancelier, malgré la venue d'Elizabeth avec l'équipe de Lorne, n'a pas l'air très enclin à les aider en dépit de son ammabilité apparente.
Episode 6: L'EXPERIENCE INTERDITE
Pendant que Sheppard escorte Rodney dans l'exploration d'une station avancée des Anciens, Ronon accompagne Teyla dans un voyage commercial, où il apprend qu'une de ses vieilles connaissances de Sateda est encore en vie. Il va profiter de ce voyage pour régler quelques comptes.
Episode 7: INSTINCT
Au cours d'une mission d'exploation, l'équipe de Sheppard se trouve sur un monde dont les habitants sont terrorisés par un Wraith qui fait des ravages parmi les habitants qui ont le malheur de s'aventurer au dehors seuls la nuit. Ils proposent de s'en occuper afin d'entrer dans les bonnes graces des habitants. A la poursuite de la créature, ils font la connaissance d'Elya, et de son père adoptif. Elya est une Wraith, qui assure qu'elle n'est pas responsable des massacres. Tentant d'aider Elya à s'en sortir par le fruit de ses recherches, Carson se rend compte que la jeune fille réagit de façon totalement opposée à son rétrovirus. Elle est métamorphosée totalement en Wraith : lancés à sa poursuite, Ronon, Teyla et John vont finir par devoir la tuer, non sang qu'elle n'ait au passage blessé John assez profondément.
Episode 8: MUTATION
La blessure infligée à Sheppard par Elya n'est pas aussi anodine qu'elle y parait de prime abord. Le corps de Sheppard s'est en fait guéri tout seul. Après analyse, il s'avère que Sheppard a en fait été contaminé par le rétrovirus de Beckett. Comportement bizarre, transformation physique, et pire, perte de sa conscience humaine sans espoir de retour, voilà ce qui attend le lieutenant colonel. La solution miracle : un antidote à base d'oeufs d'insectes Eratus...Mais comment s'en procurer? C'est finalement le colonel lui-même qui, dans un dernier éclair de lucidité, récupèrera sufisamment d'oeufs pour que Carson puisse inverser la tranformation
Episode 9: L'AURORE
La découverte d'un vaisseau de guerre Ancien conduit Elizabeth à envoyer SG1 et le Dédale pour un examen plus approfondi. Là-bas, l'équipe découvrira un nombre incalculable de caissons de stase, qui maintiennent l'équipage en vie. Enfin, en vie virtuelle, car, si leurs corps sont épuisés, leurs esprits communiquent à travers une interface, créant un véritable monde virtuel. Infiltré par John, ce monde leur apprendra que, non seulement les Wraiths sont sur le point de récupérer des informations importantes sur l'hypernavigation, mais qu'en plus le vaisseau retournait sur Atlantis pour livrer des informations sur une faiblesse de la technologie des Wraiths. Un Wraith est, tout comme John, infiltré dans le système. Démasqué par les efforts conjoints de John et Rodney, il sera tué avant d'avoir pu communiquer la moindre bribe d'information à ses congénères, arrivés en nombre sur le site. Téléportés de justesse à bord du Dédale, les deux hommes ne pourront pas récupérer l'information cruciale, car celle-ci a été effacée. C'est l'explosion de l'Aurore par autodestruction qui va éliminer tous les vaisseaux Wraiths du voisinage
Episode 10: L'UNION FAIT LA FORCE (part.1)
L'équipe est capturée par le lieutenant Ford, qui dirige une équipe de mercenaires qui ont désormais comme lui besoin d'enzyme pour vivre. Ils ont un plan en tête, et veulent obtenir l'aide de l'ancienne équipe du Marine, de gré ou de force.
Episode 11: L'UNION FAIT LA FORCE (part.2)
l'équipe est desormais prisonnière des Wraiths. McKay parvient à se débarasser de ses geoliers mais est dans un tel état qu'il ne peut guère fournir d'informations.
Un fois rétabli, il explique la situation, et un plan de sauvetage est établi, afin de récupérer les trois atlantes.
Episode 12: TEMPUS FUGIT
Panique sur Atlantis : le système d'exploitation de la cité a été trafiqué, et les sécurités de l'E2PZ désactivées et impossibles a rétablir. Pour couronner le tout, les Wraiths sont en route et l'occulteur ferait dangereusement froler la surcharge.
C'est dans ces circonstances que meurt Charin, la vieille femme qui a élevé Teyla.
Episode 13: MASSE CRITIQUE
Lorsque qu'une balise est activée depuis la cité, alertant les Wraiths de sa présence, les soupçons se portent vers un nouvel arrivant de la Terre.
Episode 14: L'IVRESSE DES PROFONDEURS
Quand le Docteur McKay se retrouve prisonnier d'un Jumper en perdition dans l'océan, il doit compter sur Samantha Carter pour survivre.
Episode 15: LA TOUR
L'équipe découvre un monde qui possède de la technologie défensive Ancienne, où le Colonel Sheppard se trouve être un pion dans la rivalité entre les prétendants au trône.
Episode 16: POSSEDES
Sheppard et Weir deviennent une menace pour Atlantis quand leurs esprits se retrouvent sous le contrôle de deux êtres hostiles.
Episode 17: COUP D'ETAT
Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.
Episode 18: TRAITEMENT DE CHOC
Un jeune Lieutenant amnésique fait une découverte perturbante à son sujet : il est un Wraith transformé par le rétrovirus du Docteur Beckett.
Episode 19: INFERNO
Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.
Episode 20: LES ALLIES
Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.
Ven 8 Oct - 19:35