Episode 1: MENACE SUR TERRE
Le Dédale combat les vaisseaux Ruches...Ronon et Rodney sont toujours prisonniers à bord de l'un d'entre eux. La situation est critique. Pour couronner le tout, les bureaucrates terriens exigent la présence d'Elizabeth qui doit retourner sur Terre, confiant le commandemant à Teyla.
Vont-il s'en sortir?
C'est l'angoisse, tant sur Atlantis, qu'au SGC, qui ne reçoit aucune nouvelle...
Episode 2: TRANSFORMATION
L'équipe d'Atlantis doit décider de ce qu'il vont faire des prisonniers Wraiths qui ont reçu le rétrovirus de Beckett. Problèmes en perspective...
Pendant ce temps, Elizabeth subit de plein fouet les critiques de la commission inernationale qui critique ses décisions.
Episode 3: IRRESISTIBLE
Au court d'une exploration, l'éuipe de Shappard découvre un homme adulé par tout son peuple. Ce même homme va avoir des effets inattendus sur eux : Carson va le ramener sur Atlantis, brisant toutes les règles de sécurité établies par Elizabeth.
Il faudra l'intervention en force de John pour ramener la cité à la normale.
Episode 4: FACE A FACE
Suite à un passage de l'équipe sur une planète que Ronon avait déjà visité en tant que Runner, l'équipe est capturée. Les habitants veulent livrer Ronon aux Wraiths pour obtenir leur clémence. Le Satédien négocie la libération de ses amis, mais le temps qu'ils reviennent avec des renforts il est trop tard...
Episode 5: COPIES CONFORMES
Une nouvelle civilisation, visiblement de la même origine que les Anciens. Elizabeth s'y rend, accompagnée de son équipe phare, afin de nouer des contacts diplomatiques.
Mais la réalité est-elle vraiment ce qu'elle parait? C'est la question qu'ils vont se poser quand ils se retrouveront prisonniers de ces supposés alliés potentiels.
Episode 6: LE MONDE REEL
Le Dr Weir se réveille dans un hôpital psychiatrique sur Terre. Là, on lui apprend que tout qu'elle pense avoir vécu jusque là (le programme porte des étoiles et la Cité) est en fait le pur fruit de son imagination. Qu'en est-il en réalité?
Episode 7: INTERETS COMMUNS
Sheppard se retrouve aux mains d'un Genii, dans la cellule voisine de celle d'un Wraith là depuis bien plus longtemps que lui.
Il lui faudra toute son habileté tactique et sa force restante pour s'en sortir, mais reviendra-t-il indemne sur la Cité.
C'est la crainte de ses amis, qui ne peuvent qu'assister impuissants aux souffrances qu'il endure.
Episode 8: LA GUERRE DES GENIES
Le Dr McKay retourne sur terre pour solliciter l'aide de sa soeur, Jeannie Miller, qui a abandonné une brillante carrière scientifique pour s'occuper de sa fille. Jeannie finira par venir sur Atlantis pour aider Rodney sur un projet.
Episode 9: LA MACHINE INFERNALE
Au cours d'une mission sur une planète inexplorée jusque là, l'équipe de sheppard se retrouve influencée par une technologie Wraiths qui leur cause des hallucinations en rapport avec leurs passés respectifs.
Episode 10: EXIL FORCE (part.1)
Au cours d'une mission de routine, l'équipe de Sheppard rencontre une vaisseau à la dérive qui a à bord des Anciens. Une fois de retour sur Atlantis, ceux-ci en reprennent le controle et exigent le départ de l'expédition terrestre
Episode 11: EXIL FORCE (part.2)
Richard Woolsey et le général O'Neill sont prisonniers des Asurans sur Atlantis : l'équipe de Sheppard, additionnée de Backett et du Dr Weir, décide de les secourir, et vole pour cela un Jumper.
Episode 12: LE CHANT DES BALEINES
Les membres de la Cité sont de plus en plus nombreux à tomber malades lorsque les baleines se dirigent vers la Cité. Sont elles responsables?
Episode 13: INVINCIBLE
Une nouvelle rencontre avec Lucius Lavin va apporter d'autres ennuis à l'équipe du lieutenant-Colonel Sheppard. Il se fait désormais passer pour quelqu'un de courageux...
Episode 14: LE PERIL DE LA SAGESSE
Rodney acquiert suite à une "fausse" manipulation des capacités mentales extraordinaires, à tel point que les ordinateurs d'Atlantis ne sont plus assez rapides pour lui. Il décide d'utiliser ses nouvelles capacités pour travailler sur l'E2PZ, mais suite à un malaise il finira par comprendre que ces mêmes capacités peuvent se révéler dangereuses, voire mortelles.
Episode 15: LES JEUX SONT FAITS
Rodney et John passent leur temps à jouer à un jeu vidéo découvert dans une salle de la Cité. Cepndant, ils finissent par s'apercevoir que leurs actions ont un réel impact, et que les peuples qu'ils manipulent existent réellement.
Il vont tenter de leur montrer qu'une guerre perpétuelle ne sert à rien, que mieux vaudrait s'entendre.
Episode 16: AMES EN DETRESSE
L'équipe retrouve les derniers survivants d'une civilisation toute entière. Ils sont en hibernation, dématérialisés dans des modules ressemblant à ceux des Darth. Le peuple, et l'auipe entière, se retrouve en danger lorsque le système de survie est gravement endommagé.
Episode 17: UNE QUESTION D'ETHIQUE
Une journée de repos à priori tranquille se transforme en succession de drames après une explosion dans la cité.
Episode 18: IMMERSION
Une équipe de la Cité part en exploration sous marine, dans une station geothermale abandonnée par les Anciens. Ils se croient à l'abri, mais la station n'est peut-être pas aussi déserte qu'il y parait.
Episode 19: L'EQUILIBRE PARFAIT
Après une perte de contact avec le village des Taranians, l'équipe de Sheppard est envoyée sur place. Au cours de l'enquête, ils découvrent que Michael serait responsable de la situation, et aurait ainsi exterminé le peuple entier.
Episode 20: NOM DE CODE: HORIZON
Le SGC, ayant découvert que les Asurans construisaient une flotte de vaisseaux de combats, décide de lancer une attaque contre leur planète natale, ce qui conduira les Atlantes à prendre ensuite une décision extreme.